O Musa é administrado por uma associação civil, laica, sem fins lucrativos, e está
sob a coordenação de um Conselho de Administração composto de membros natos
e membros eleitos pelos associados. O Conselho de Administração é responsável
por indicar a diretoria do museu.

Conselho de Administração – quadriênio 2014-2018

Membros natos

Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência – SBPC
Representante: Alfredo Wagner Berno de Almeida

Universidade do Estado do Amazonas – UEA
Representante: Cleinaldo de Almeida Costa

Museu Paraense Emilio Goeldi – MPEG
Representante: Lucia Hussak van Velthem

Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia – INPA
Representante: Efrem Jorge Gondim Ferreira

Centro da Indústria do Estado do Amazonas – CIEAM
Representante: Wilson Luiz B. Périco

Associação Comercial do Amazonas –  ACA
Representante: Urias Sergio de Freitas

Universidade Federal do Amazonas – UFAM
Representante: Dysson Teles Alves

Conselho Municipal de Cultura
Representante: Celdo Braga

Instituto Mamirauá
Representante: Helder L. Queiroz

Membros eleitos
Jair Max Furtunato Maia (representante técnico-científico)
Marcio Silva de Lira (representante empresarial)

Membros indicados
Orsine Rufino de Oliveira Jr (AmazonasTur)
Ingo Wahnfried (UFAM)
Bernardo Soares Monteiro de Paula (Manauscult)