Desde 2016, o Musa tem desempenhado um crescente papel na pesquisa arqueológica na Amazônia, em continuidade ao seu profundo compromisso com a história indígena de longa duração.

Visando ao serviço da sociedade e de sua educação e formação científica e cultural,
a instituição – que hoje participa de diversas pesquisas na região – vem formando um importante acervo arqueológico acessível à comunidade científica e ao grande público.

Paralelamente, o Musa tem implementado estruturas laboratoriais, reservas técnicas e espaços expositivos com o objetivo de se tornar uma instituição de referência na pesquisa, guarda, conservação e divulgação do patrimônio arqueológico da Amazônia.

O acervo do Musa reflete a história cultural das comunidades de onde provém. Assim sendo, as atividades que envolvem comunidades tradicionais são realizadas de comum acordo e com base na vontade da comunidade envolvida e no respeito pela dignidade humana e as tradições culturais. Dessa maneira, os acervos são utilizados para promover o bem-estar, o desenvolvimento social e a defesa da expressão multissocial, multicultural e multilinguística. Isto posto, o Musa compartilha seus conhecimentos, acervos e documentação com museus e organizações culturais das regiões de proveniência do patrimônio, procurando explorar as possibilidades de desenvolvimento de parcerias com as comunidades envolvidas com tal cultura material.