O acervo etnológico do MUSA é gerenciado pelo Núcleo de Arqueologia e Etnologia (MUSA-NAE), que também promove o envolvimento de comunidades tradicionais em projetos expositivos e de pesquisa. Objetos etnográficos são aqueles coletados no contexto de produção e uso de diferentes sociedades, como parte do modo de vida de diferentes culturas. Para o museu, defender e divulgar as culturas indígenas e tradicionais da Amazônia é um imperativo de convivência solidária entre humanos e um aprendizado de vivência no ambiente da floresta com os seres não humanos. O acervo etnográfico é formado principalmente por objetos produzidos por comunidades indígenas do alto rio Negro, em trabalhos colaborativos para as exposições Peixe e Gente e Aturás mandiocas beijus. São 80 objetos que podem ser vistos nas exposições, além de algumas peças que foram doadas ao museu e se encontram na reserva técnica.
