A partir da doação da coleção Rosalie Benchimol e das expedições feitas pelo MUSA e Universidade Federal do Acre (UFAC), foi criado no museu um acervo paleontológico utilizado na concepção da exposição Passado Presente. As coleções são compostas por fósseis de animais e vegetais de espécimes amazônicos e de outras regiões do mundo.
